La Comisión Permanente de Fiscalización es el órgano especial responsable de vigilar la gestión académica, administrativa y económica de la UNI. Cuenta con amplias facultades para solicitar información a toda instancia interna de la Universidad. Está obligada a guardar la debida confidencialidad de la información proporcionada, bajo responsabilidad.
| Nombres y Apellidos | Facultad | Categoría | Condición |
| MAG. INGENIERO JOSÉ ALEX CHAPARRO MÉNDEZ | Facultad de Arquitectura Urbanismo y Artes | Asociado | Miembro Titular |
| DRA. GLORIA TERESITA HUAMANÍ HUAMANÍ | Facultad de Ingeniería Industrial y Sistemas | Principal | Miembro Titular |
| ALUM. EDUARDO VILLACORTA CASMA | Facultad de Ingeniería Industrial y Sistemas | Miembro Titular |